Setelah dilakukan survey oleh Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS) untuk menilai 15 standar akreditasi pada tanggal 29 Nopember s/d 1 Desember 2016 meliputi APK (Akses ke Pelayanan dan Kontinuitas ke Pelayanan), HPK (Hak Pasien dan Keluarga), AP (Asesmen Pasien), PP (Pelayanan Pasien), PAB (Pelayanan Anestesi dan Bedah), PPK (Pendidikan Pasien dan Keluarga), PMKP (Peningkatan MUtu dan Keselamatan Pasien), TKP (Tata Kelola, Kepemimpinan dan Pengaturan), KPS (Kualifikasi dan Pendidikan Staf, MKI (Manajemen Komunikasi dan Informasi) ,MDGs (Milenium Development Goals), MPO (Manajemen dan Pengelolan Obat), MFK (Manajemen Fasilitas dan Keselamatan), SKP (Sasaran Keselamatan Pasien) dan PPI (Pencegahan dan Pengendalian Infeksi) akhirnya RSUD Kota Madiun lulus akreditasi Rumah Sakit Tingkat Paripurna dari KARS dan sertifikat berlaku 3 tahun sampai 28 November 2019.
Implementasi pelaksanaan akreditasi di RSUD Kota Madiun setiap tahunnya akan dilakukan verifikasi oleh KARS sehingga perlu komitmen dari semua karyawan untuk selalu melaksanakan pelayanan yang berfokus pada keselamatan pasien sesuai standar akreditasi dan meningkatkan manajemen pelayanan kesehatan sehingga pelayanan kesehatan rujukan di RSUD Kota Madiun akan tetap bermutu.Penyerahan sertifikat akreditasi paripurna dilaksanakan di Jakarta oleh Ketua Eksekutif Komisi Akreditasi Rumah Sakit Dr.dr.Sutoto,M.Kes kepada Direktur RSUD Kota Madiun, dr Resti Lestantini, M.Kes.